Алхимия – наука о преобразовании одного вещества в другое. Состоит из трёх этапов – анализ, разложение, воссоздание. Главный её закон – равноценный обмен. Нельзя получить что-то из ничего. Если неправильно рассчитать, то возникает эффект под названием отдача, и у алхимика отбирают часть его тела. Кто-то лишается зрения, кто-то ноги, кто-то внутренностей. Обойти закон равноценного обмена можно только при помощи филоссовского камня. Люди годами ищут его, пытаются создать, но им не известен главный и единственный компонент – живые люди.
Гомункулы, у которых филоссовский вместо сердца подчиняются неизвестному лицу, и называют его – Отцом. Отец избавился от семи смертных грехов, и создал гомункулов. Они хотят превратить Аместрис в филосовский камень. Каждая война Аместрийцов с другими странами была задумана изначально. И вот, пути назад нет. Ценные жертвы назначены, дата установлена. Осталось всего два месяца. Конечно, найдутся те кто узнают о всём и будут сопротивляться. Но они не знают с кем столкнулись, они не знают что этот неведомый Отец – живой филосовский камень.
Ошибки алхимиков бывают разные, и их результаты тоже. Трансмутация человека запрещена и невозможна. Создать тело это одно, но прикрепить к ней душу которой нет в этом мире нельзя, поэтому созданное тело уже имеет свою собственную душу и называется существо – гомункул. Такие гомункулы ещё не совершенны пока не съедят филоссовских камней.
Девочка Алиса ничего не помнит о себе, её нашла и приютила бездетная пара. Энви, Ласт и Глотани быстро сообразили что девочка на самом деле несовершенный гомункул. Разобравшись они поняли что у неё интересный дар, и им бы не помешал такой союзник. Похищенная девочка на отрез отказывается есть камни когда узнаёт из чего они.
Эсфор - очень древний, хоть и небольшой городок. Он хранит в себе много секретов и один из них это филосовский камень. Много столетий назад, ещё до появления Отца и его гомункулов, здесь был создан филосовский камень позволяющий обойти закон равноценного обмена, и позволяющий даже вернуть мёртвого к жизни. Отцу даже и не снилась такая мощь. Никто точно не знает сколько точно времени прошло с тех пор как появился этот камень, да и где именно его искать. Это первая загадка городка.
Вторая загадка города – здесь можно остановить превращение Аместриса в филосовский Камень. Именно в этом городе возможно остановить Отца. Под землёй есть город, точнее бывший город. Когда-то в нём жили, но потом жизнями людей запечатали эти Врата. Если уничтожить их, кровавые печати со всего Аместриса будут уничтожены, замысел Отца падёт.
Рой Мустанг – Огненый Алхимик, молодой и талантливый, нацеленный стать фюрером собрал своих верных подчинённых и приехал в Эсфор. Нет, его цель уже не камень, он нацелен уничтожить врата и спасти Аместрис. Круг сторонников Роя увеличивается, что не может его не радовать. Узнав что Кинг Бредли (фюрер) гомункул, Мустанг понимает что страна висит на волоске. Пути к отступлению нет, проиграть – значит умереть и разделить смерть со всеми кто дорог. Огненному алхимику и его подчинённым придётся найти вход в подземный город, и уничтожить Врата. Браться Элрики приехали в Эсфор с целью помочь Мустангу, а так же добыть этот филосовский камень, т.к. по слухам, для его создания не были задействованы жизни людей.
Линг Яо и его войны приезжают в город в поиске камня. Пока, Линг и Грид всё ещё одно целое. Но Лан Фан и старик Фу всюду следуют за ним защищая его, и надеются что их господин одолеет Грида.
Шрам, Мей Чан и Марко тоже приехали в Эсфор. Шрам и Марко хотят уничтожить врата, Мей Чан желает им помочь, но всё ещё надеется найти камень.